航海六分仪的误差主要有三种，水手很容易纠正，四个错误，对于“准直”，也可以纠正，小心和注意，但只有一个旧的六分仪，其中望远镜套环安装了调整螺钉。
误差，垂直度，是由于折射镜不垂直于仪器平面造成的，若要检查是否存在此错误，请将分度臂夹在弧线的三分之一到一半之间，取下望远镜，斜视分度镜，观察六分仪的真实弧线和反射弧线，保持六分仪水平，弧形远离身体，如果真弧和反射弧彼此不一致，则必须考虑存在垂直度误差。
第二个误差，侧误差，是由水平镜不垂直于仪器平面引起的，有两种方法可以检查是否存在此错误，首先是通过观察恒星，将六分仪保持在垂直位置，将分度臂设置为零，并通过望远镜观察到一颗二等星，如果真恒星和反射恒星是并排的，那么必须考虑存在边误差。
第三个错误，索引错误，是由于索引臂设置为零时，索引镜和地平线镜没有彼此不平行造成的，要通过观测恒星来检查是否存在折射率误差，当六分仪设置为零时，通过望远镜观察，如果恒星的反射图像高于或低于真实图像，则必须考虑存在折射率误差。
